Application of 4-layer ONIOM method to pKa calculations for proteins
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
Software News and Updates A Toolkit to Assist ONIOM Calculations
A general procedure for quantum mechanics and molecular mechanics (QM/MM) studies on biochemical systems is outlined, and a collection of PERL scripts to facilitate ONIOM-type QM/MM calculations is described. This toolkit is designed to assist in the different stages of an ONIOM QM/MM study of biomolecules, including input file preparation and checking, job monitoring, production calculations, ...
متن کاملSearching for conical intersections of potential energy surfaces with the ONIOM method: application to previtamin D.
We demonstrate that the ONIOM method can be used to optimize a conical intersection between the ground and first excited-state potential energy surfaces of previtamin D (precalciferol), with excitation localized in a small part of the molecule: the hexatriene chromophore. These calculations were up to 100 times faster with little loss of accuracy compared to a full non-ONIOM Target calculation....
متن کاملpKa predictions of some aniline derivatives by ab initio calculations
: In this work, different levels of theory containing HF, B3LYP, and MP2 with different basis sets such as 6-31G, 6-31G*, 6-311G, 6-311+G, 6-31+G*, 6-31+G are used to predict relative acidity constants of some aniline derivatives. Three different kinds of radii containing UAHF, Bondi, and Pauling are used to study how cavity forms change acidity constants. In all cases, DPCM model is used to si...
متن کاملapplication of upfc based on svpwm for power quality improvement
در سالهای اخیر،اختلالات کیفیت توان مهمترین موضوع می باشد که محققان زیادی را برای پیدا کردن راه حلی برای حل آن علاقه مند ساخته است.امروزه کیفیت توان در سیستم قدرت برای مراکز صنعتی،تجاری وکاربردهای بیمارستانی مسئله مهمی می باشد.مشکل ولتاژمثل شرایط افت ولتاژواضافه جریان ناشی از اتصال کوتاه مدار یا وقوع خطا در سیستم بیشتر مورد توجه می باشد. برای مطالعه افت ولتاژ واضافه جریان،محققان زیادی کار کرده ...
15 صفحه اولan application of fuzzy logic for car insurance underwriting
در ایران بیمه خودرو سهم بزرگی در صنعت بیمه دارد. تعیین حق بیمه مناسب و عادلانه نیازمند طبقه بندی خریداران بیمه نامه براساس خطرات احتمالی آنها است. عوامل ریسکی فراوانی می تواند بر این قیمت گذاری تاثیر بگذارد. طبقه بندی و تعیین میزان تاثیر گذاری هر عامل ریسکی بر قیمت گذاری بیمه خودرو پیچیدگی خاصی دارد. در این پایان نامه سعی در ارائه راهی جدید برای طبقه بندی عوامل ریسکی با استفاده از اصول و روش ها...
ذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Seibutsu Butsuri
سال: 2001
ISSN: 0582-4052,1347-4219
DOI: 10.2142/biophys.41.s103_4